D’abord en 1999, il revient avec le disque Lower The Walls, à cette inclination naturelle au chant, à la tête d’un groupe dont le guitariste Sylvain Luc et le saxophoniste Andy Sheppard comprennent parfaitement l’exigence de respiration, tandis que le chanteur David Linx apporte des parfums de folk et de pop qui rappellent l’amour avoué pour James Taylor, Joni Mitchell ou Bob Dylan. Ensuite, à partir de 2001, au sein du groupe Ladyland formé par le trompettiste Erik Truffaz, qu’il initie lui-même aux rythmes nouveaux de la drum ‘n bass, de l’ambient, et des musiques électroniques en général (Mantis, Blue Note) vers lequel l’attirent non seulement sa soif de nouveauté mais aussi son intérêt pour les libertés du home-studio.

Enfin, en formant un nouveau trio avec le saxophoniste Gaël Horellou et le batteur Philippe Garcia, deux musiciens plus jeunes issus du Collectif Mu et co-leaders du groupe électro Cosmik Connection, il trouve encore le temps de signer les bandes-son de plusieurs films documentaires. S’il reste fidèle à des formes traditionnelles comme dans le trio du pianiste américain Ronnie Lynn Patterson ou dans le Newance Quartet de Glenn Ferris, Michel Benita a désormais les oreilles tournées vers l’expérimentation et la transdisciplinarité, qu’il pratique depuis 1996 en qualité de compositeur fétiche de Hilton McConnico, styliste, décorateur, photographe, designer, scénographe attitré de la maison Hermès, pour le compte duquel il a déjà réalisé cinq musiques d’exposition ou de défilé, en France et au Japon. A l’aube de ses cinquante ans, son nouveau projet, Translate, le voit franchir une étape décisive qui lui redonne à la fois le frisson de la création et le contact avec un nouveau public.

En 2009, sa rencontre décisive avec Mieko Miyazaki, charismatique joueuse de koto originaire de Tokyo, le porte vers un nouveau projet, tout d’abord en duo, puis rejoint par le guitariste norvégien Eivind Aarset, le trompettiste suisse Matthieu Michel et le batteur Philippe Garcia, copmplice habituel des aventures avec Erik Truffaz. Le CD Ethics, sorti en 2010, témoigne de cette volonté d’asseoir une Éthique de la musique qui s’appuie sur le partage, l’ouverture et le goût de l’expérimentation.

L’année 2012 verra la sortie de deux albums majeurs dans sa carrière. Tout d’abord un double CD live du groupe Palatino (Romano, Ferris, Fresu), reformé pour un concert à Grenoble (MC2). Ensuite son premier album sur le label ECM, avec le trio Libero, initié par le saxophoniste anglais Andy Sheppard et avec le batteur Sebastian Rochford.